1944年、人類がネウロイという未知の敵により、ヨーロッパ・ガリア地方は
占領されていた。だが同年、連合軍第501統合戦闘航空団、
通称ストライクウィッチーズの活躍により敵ネウロイは消滅、ガリアは
解放された。しかし、戦いはまだ終わっていない。

1945年 春 ヴェネチア 竹井醇子達ウィッチーズは人型のネウロイとの
コミュニケーション実験を試みる。しかし、その最中、上空に巨大なネウロイの
巣が現れ、人型のネウロイはその巨大ネウロイのビームによって消滅し、
実験は失敗する。そして、この巨大ネウロイは古い巣を破壊し、またたくまに
ロマーニャ北部をのみこんだ。

存亡をかけ、再び人類はネウロイとの戦いを余儀なくされる。

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